Đầu những năm 1990, Mulindwa bắt đầu làm việc tại Pride Microfinance Limited và sau đó chuyển đến Nile Bank Limited, trước khi gia nhập Ngân hàng Tài chính Trust. Tại Finance Trust, bà đã làm việc trong các năng lực khác nhau, bao gồm: (a) hoạt động và người quản lý tuân thủ và (b) người đứng đầu hoạt động.[2] Theo thời gian, bà đã được công nhận về kỹ năng lãnh đạo của mình và được đào tạo thêm về lãnh đạo, quản lý và giải quyết vấn đề. [3] Ngày 3 tháng 4 năm 2012, bà được bổ nhiệm làm giám đốc điều hành và giám đốc điều hành của những gì còn được gọi là Uganda Finance Trust, một tổ chức tài chính vi mô. Khi Ngân hàng Uganda cấp cho Quỹ Tín dụng tài chính một giấy phép ngân hàng thương mại đầy đủ, Mulindwa trở thành người phụ nữ thứ hai trong lịch sử ngân hàng của đất nước vươn lên tới vị trí CEO tại một ngân hàng thương mại ở Uganda, sau Edigold Monday.[3] Ngân hàng thương mại mới này ra mắt chính thức vào tháng 1 năm 2014.[4]